Santa Cilia en la Edad Media
La historia de Santa Cilia está unida al Real Monasterio de San Juan de la Peña. Su origen es medieval. Hay documentos que confirman su existencia en el S. X.
La mayoría de los documentos históricos confirman que el lugar per-tenecía a dicho monasterio. Este núcleo estaría al sur del actual, en la zona de las eras, y en su proximidad estaría la ermita de Santiago, o San Décimo, (desaparecida en los años 50 del S. XX.
En 1336 "la villa estaba despoblada y destruida por la inestabilidad, mortandad y las fuertes cargas impuestas a sus vecinos." (A.I Lapeña Paul.La carta de población de Santa Cilia en 1336). En esta fecha se reglamenta y organiza la repoblación del lugar, posiblemente a cargo del monasterio de San Juan.
De este siglo, o quizás de finales del S.XII procede la actual planificación del casco antiguo, formado por una cerca y seis manzanas de casas, poblandose del este al oeste, aunque no se ocupo en su totalidad en el oeste. La planimetria es la de un campamento romano, dando lugar a un red de calles rectas y perpendiculares.
En el S. XV los monjes de San Juan construyen la casa Palacio, o casa del Clavero, que servirá de almacén y despensa para su monasterio. Al lado estaba el molino y la iglesia. En 1488 tenía 22 fuegos.
Santa Cilia en la Edad Moderna:
En el S. XVII se reconstruye la iglesia, sustituyendo a otra medieval. Se amplia y se le añade una torre campanario. 33 fuegos en 1609, y 27 en 1646.
En el siglo XVIII se decora su interior con pinturas murales en las capillas laterales, y la zona del altar mayor. También se encarga el retablo del altar mayor. A final de este siglo se construye la muralla que protege la iglesia de las avenidas del río Aragón. Junto a ella esta el antiguo puente medieval, que llego a tener hasta 160 m (hoy en día solo tiene 4 de los 8 vanos). Era paso obligado para las cabañas de ganado que hacían la transhumancia entre el Pirineo y la montaña. Hasta principios del S.XX era obligatorio el pago de peaje a toda persona y gandado de fuera.
En los censos de 1722 y 1787 figuran 20 vecinos y en 1797, 65 vecinos.
Santa Cilia en la edad contemporánea:
S. XIX: Con la desamortización de Mendizabal Santa Cilia se convierte en ayuntamiento (1834). Según Madoz existian 72 casas y 331 al-mas. En el último tercio de este siglo se ve incrementada la población con la llegada de un destacamento del cuerpo de carabineros, quizás relacionado con la tercera guerra carlista.
S. XX. En 1920 alcanza su población máxima: 520 habitantes y unas 90 casas. Pero, como en la mayoría de los pueblos de Aragón, comienza un proceso de emigración, que ya existía en los años diez de este siglo, dónde varias familias emigraron a América, concretamente a Argentina. En los años veinte la emigración es a Francia. En los años treinta y sucesivos a Barcelona.
En los años cincuenta a Francia y Sabiñánigo.en los sesenta y setenta es Jaca, Zaragoza .el punto de destino de los que emigran, hasta llegar a los 255 habitantes en 1970. En 1969 se une el núcleo de Somanés.
En la actualidad Santa Cilia tiene 243 habitantes (Datos del INE de acuerdo al Padrón municipal a 1 de enero de 2020).